Shinichi Kudo, detektif siswa SMA yang memiliki kemampuan dalam menganalisa kasus-kasus kriminal terkena suatu masalah besar ketika tiba-tiba dirinya menjadi mengecil setelah meminum obat misterius (yang kemudian diketahui adalah racun berkode APTX 4869) yang dicekoki oleh sepasang pria berjubah hitam misterius dengan codename Gin dan Vodka. Saat kejadian itu Shinichi dan Ran Mouri sedang berkencan di sebuah taman tema (theme park), kemudian Shinichi bertemu dengan dua orang yang mencurigakan, dan Shinichi pun membuntuti mereka, karena keasyikan mengintip transaksi gelap yang dilakukan Vodka dengan seorang usahawan, tanpa sadar Shinichi dipukul oleh Gin, dan dicekoki obat misterius yang dimaksud untuk membunuh Shinichi.

            Namun ternyata obat tersebut tidak membunuh Shinichi, melainkan terjadi efek samping dari obat tersebut yang mengakibatkan tubuhnya mengecil seperti bocah berusia tujuh tahun.

            Shinichi, kemudian atas saran dari Profesor Agasa, mengganti namanya menjadi Conan Edogawa, (nama Conan berdasarkan tulisan romaji dari pengarang buku detektif terkenal Sherlock Holmes, Sir Arthur Conan Doyle, dan Edogawa Ranpo) mulai mencari tahu seluk beluk lelaki organisasi misterius tersebut, pada akhirnya Conan tinggal rumah teman sejak kecilnya, Ran Mouri yang tidak mengetahui jati diri sang detektif.

            Karena mengecilnya tubuh Shinichi, pada mulanya analisis Conan sama sekali tidak dipercaya karena dianggap sebagai anak kecil, sehingga pada akhirnya Conan terpaksa membuat ayah Ran, Kogoro Mouri yang merupakan seorang detektif payah untuk memecahkan berbagai kasus kejahatan, dengan harapan dapat melacak jejak organisasi tersebut dari kediaman Mouri.

Nama-nama tokoh dalam kisah ini :

1. Shinichi Kudo (工藤 新一 Kudō Shin'ichi) - Tokoh utama yang menyamar dengan nama Conan Edogawa (江戸川コナン).

2. Ran Mouri (毛利　蘭 Mōri Ran) - Teman Shinichi dan hampir menjadi pacarnya. Ayah Ran pisah rumah dengan ibu Ran Eri Kisaki, seorang pengacara.

3. Hiroshi Agasa (阿笠 博士) / Profesor Agasa - Profesor yang barang-barang penemuannya membantu Shinichi sekaligus geng detektif cilik.

4. Juzo Megure (目暮十三 Megure Jūzō) / Inspektur Megure - Inspektur kepolisian Beika.

5. Grup Detektif Cilik :

1. Genta Kojima (小嶋元太 Kojima Genta) - Dalam sosok kecil Shinichi yang berwujud Conan Edogawa mendirikan geng Detektif Cilik. Genta adalah salah satu teman Conan yang menjadi anggota kelompok detektif ini. Badannya sangat gemuk, besar, dan jago makan. Tipikal sosok penindas pada awalnya dan berbalik 180 derajat kemudian.

2. Mitsuhiko Tsuburaya (円谷光彦 Tsuburaya Mitsuhiko)Anggota Detektif Cilik. Teman Conan Edogawa. Dulu dia menyukai ayumi, tapi sekarang dia sangat menaruh hati dan menyukai Ai, lebih daripada saat dia menyukai Ayumi, karena dia berpikir bahwa Ai lebih pintar dan lebih dewasa.

3. Ayumi Yoshida (吉田歩美 Yoshida Ayumi) - Teman Conan sekaligus anggota geng Detektif Cilik. Menaruh hati pada Conan.

6. Sonoko Suzuki (鈴木園子 Suzuki Sonoko) - putri kolongmerat Suzuki yang juga merupakan sahabat terbaik Ran. Sonoko sangat centil dan suka berlibur untuk mencari cowok.

7. Heiji Hattori (服部平次 Hattori Heiji) - Rival Shinichi dari Osaka. Heiji juga merupakan sahabat baik Shinichi.Putra Heizo Hattori, inspektur Kepolisian Osaka.

8. Shiho Miyano (宮野志保 Miyano Shiho) / "Sherry" (シェリー) / Ai Haibara (灰原哀 Haibara Ai) - Anggota jubah hitam yang berkhianat pada organisasi tersebut setelah kakaknya, Akemi terbunuh di tangan Gin. Perempuan yang cerdas dan serius. Melalui tangannya susunan formula misterius warisan orang tuanya yang juga bekerja pada organisasi ia menciptakan berbagai macam formula untuk organisasi termasuk racun yang telah mengecilkan tubuhnya serta Shinichi Kudo.Ai sangat disukai oleh Mitsuhiko.

9. Yusaku Kudo (工藤優作 Kudō Yusaku) - Ayah Shinichi yang memiliki kemampuan analisis yang cerdas dan pembuat novel misteri best seller

10. Yukiko Kudo (工藤有希子 Kudō Yukiko) - Ibu Shinichi. Mantan aktris yang sangat cantik dan pintar akting. Dia sangat suka diperhatikan orang dan menjadi Night Baronness. Centil dan suka menantang bahaya.

11. Kaito Kid (怪盗キッド Kaitō Kiddo) - Pencuri kelas wahid yang lihai menyamar. Kemungkinan besar Sharon Veinyard dan Yukiko Kudo mempelajari ilmu penyamaran dari ayahnya, Toichi Kuroba. Kid memiliki kisah sendiri yang bertitel Magic Kaito yang telah diterbitkan dalam bentuk manga berseri.

12. Gin - Nama asli: Melkior.Anggota Organisasi Jubah Hitam. Pacar Vermouth. Sangat kejam dan memiliki beberapa hal yang mencolok sebagai ciri khasnya seperti kendaraan Porsche 356A yang selalu dikendarainya.

13. Vodka - Rekan/adik Gin. Kerap diperlihatkan menjalankan aksinya bersama-sama Gin.

14. Vermouth - Nama asli: Chris Vineyard. Seorang aktris besar yang bakat aktingnya luar biasa dan pandai menyamar. Sangat cantik dan cerdas. pacar Gin. Kemungkinan besar merupakan sosok yang sama dengan Sharon Vineyard, yang dikamuflasekan sebagai ibunya sendiri dengan meminum formula misterius organisasi yang dapat memudakan usianya kembali.Dalam cerita berikutnya memang benar. Di Jepang menyamar sebagai Dr. Araide yang akhirnya ketahuan oleh Conan dkk.

15. Shuichi Akai - Anggota FBI berdarah Jepang, jago menembak dengan berbagai senjata, terutama shotgun. Memiliki hubungan masa lalu sebagai pacar Akemi Miyano.

16. Jody Santemillion/Jodie Starling - Seorang anggota FBI yang datang ke Jepang untuk menangkap Chris Vineyard yang telah membunuh ayahnya sewaktu kecil, menyamar sebagai guru bahasa Inggris yang aneh.

Shinichi Kudo berubah jadi Conan Edogawa sewaktu Shinichi lagi kencan ma Ran. Sepulangnya dari sana Shinichi tanpa sengaja melihat transaksi barang illegal oleh mafia (kawanan berjubah hitam). tiba2 dia dipukul dari belakang dan pingsan.

Oleh salah seorang dari penjahat itu (dikenal dengan code name : Vodka), mempunyai ide untuk meminumkan serum khusus yang baru mereka produksi (pada awalnya teman Vodka - yang mukul shinichi -, code name : Gin), maunya sih dijadikan kelinci percobaan. Setelah diminumkan, Shinichi ditinggalkan, karena dikira sudah mati. Oleh karena itu kawanan ini gak tau bahwa Shinichi masih hidup dan mengecil.

setelah mengecil Shinichi menemui Profesor Agasa, ilmuwan jenius teman ayahnya. Dari sana Shinichi berusaha menceritakan hal yang sebenarnya dan Profesor Agasa akhirnya percaya. Selagi di rumah profesor Agasa, Ran muncul. sewaktu Ran menanyakan nama Shinichi (biasa klo ce ketemu anak kecil, nanyanya pasti "adik kecil namanya siapa ??"), Shinichi panik, dan akhirnya membuat sebuah nama samaran yaitu Conan Edogawa, yang diambil dari 2 nama pengarang buku detektif terkenal di London dan Jepang, Sir Arthur Conan Doyle dan Edogawa.

dari sana Conan dibekali Prof.Agasa dengan alat khusus (sepatu penguat tendangan, kacamata pelacak, jam pembius, dasi kupu2 pengubah suara,dll) untuk menguak siapa sebenarnya organisasi jaringan kawanan jubah hitam tersebut. (mereka ini adalah mafia internasional yang dicari oleh FBI). Selain membantu Kogoro Mouri memecahkan kasus-kasus.

Conan pernah kembali jadi Shinichi, tapi waktu berubahnya hanya sementara dan tidak bisa diprediksi. (waktu itu dia flu dan dikasih sake oleh Heiji, ternyata sake dan virus flu itu bereaksi satu sama lain). Setelah dicoba, ternyata gak bisa lagi, karena tubuh Conan sudah memproduksi antivirusnya. (istilahnya sudah kebal). Ai Haibara (salah satu kawanan jubah hitam bagian penelitian - meminum serum yang sama dengan Conan dan akhirnya mengecil, code name : Sherry ) membuat sebuah serum pengembali badan. Tapi serum ini masih dalam percobaan , hanya bisa bertahan sementara dan rasio kegagalan dengan hasil kematian sangat tinggi). Intinya, Conan/Shinichi gak bisa berubah kembali gede dengan seenaknya. (jadi yg nemuin bukan Agasa, tapi Ai Haibara).

Jack the phantomim shadow ???, maksudnya Pencuri 1412 aka Kid, The Phantom Thief ??. Klo kalian pernah baca karya Aoyama Gosho yang lain (pengarang Conan), Kid merupakan karakter pertama yang dibuat jadi komik (setelah itu Yaiba dan Detektif Conan). Yah ..., gw juga penasaran.


DAFTAR ORANG-ORANG YANG TAHU IDENTITAS SHINICHI :
1. Professor Agasa, ilmuwan jenius teman ayah shinichi. dia yang ngasih Shinichi alat2 canggih.
2. Heiji Hattori, rival Shinichi, dijuluki Detektif dari Utara - klo Shinchi dijuluki Detektif dari Selatan -. Asalnya Kansai atau Hokkaido sih ??, lupa ...
3. Ayah dan Ibu Shinichi, Yosaku Kudo dan Eri Kudo (klo gak salah). Yosaku bukan komikus, tapi Novelis, dan novel yang ditulisnya adalah novel misteri.
4. Ai Haibara, ilmuwan bekas kawanan jubah hitam, dia yang meneliti serum yang diminum Shinichi, berkhianat dari kawanan jubah hitam dan sedang diburu mereka. Minum serum yang sama dan akhirnya berubah jadi kecil juga.

DAFTAR ORANG YANG 'CURIGA' BAHWA SHINICHI BUKAN ANAK BIASA :
1. Agen FBI, 3 orang, 1 orang kakek dengan nama James, 1 orang wanita yang jadi guru bahasa inggris di sekolah Ran, namanya Ibu Guru Jody, dan seorang laki-laki, namanya gw lupa. Tapi sempet dikira Conan sebagai salah satu kawanan jubah hitam, ternyata bukan.
2. Kid The Phantom Thief, sama seperti Shinichi, dia juga anak SMA. bedanya dia pencuri, Shinichi detektif. Shinichi selalu berusaha menangkapnya tapi selalu gagal.
3, Ran, dia juga sempet curiga, tapi kecurigaannya pupus karena waktu Shinichi kembali ke wujud asal, Conan ada didekatnya (yang jadi conan waktu itu adalah Ai Haibara yg menyamar). Pernah juga waktu dia jadi kecil, Shinichi muncul (yang jadi Shinichi adalah Heiji Hattori).